Praca magisterska powinna być pracą „doświadczalną”, opartą o badania naukowe, prowadzone pod kierunkiem opiekuna pracy. Praca magisterska, stanowiąca opracowanie wyników doświadczeń przeprowadzonych w trakcie realizacji projektu badawczego, powinna składać się z następujących części: (1) strona tytułowa (wg wzoru); (2) spis treści; (3) wykaz skrótów; (4) streszczenie; (5) abstract (w języku angielskim); (6) wstęp; (7) cel pracy; (8) materiały i metody; (9) wyniki; (10) dyskusja i wnioski; (11) piśmiennictwo według jednolitego schematu.

Całkowita objętość pracy powinna wynosić nie mniej niż 25 i nie więcej niż 50 stron tekstu pisanego czcionką Times New Roman 12, przy zachowaniu odstępów między wierszami: 1,5 i marginesach: lewym 3,5 cm a pozostałymi 2,5 cm. Praca magisterska powinna spełniać wymagania metodologii badań naukowych. Studenci, piszący prace magisterskie, powinni mieć na uwadze przepisy prawne, dotyczące ochrony praw autorskich, a szczególnie unikać przypisywania sobie autorstwa fragmentów cudzego utworu. W związku z tym, należy zarówno w odniesieniu do fragmentów tekstu, jak i ilustracji, zaczerpniętych z publikacji innych autorów, zawsze podawać ich dokładne źródła. Zaleca się, aby w miarę możliwości ilustracje (schematy, wykresy, diagramy itp.) wykonywać samodzielnie.

W ocenie pracy brana jest pod uwagę jej treść, forma oraz wartość poznawcza. Pracę magisterską oceniają dwie osoby: opiekun pracy oraz recenzent. W przypadku, gdy opiekunem pracy jest osoba spoza Instytutu Zoologii i Badań Biomedycznych UJ, recenzentem musi być samodzielny pracownik naukowo-dydaktyczny IZiBB UJ.